Biopython: Python w bioinformatyce

Oficjalna strona Stowarzyszenia Polska Grupa Użytkowników Pythona

Biopython to realizowana w międzynarodowym gronie otwarta biblioteka języka Python. Zapewnia możliwość radzenia sobie z problemami, będącymi przedmiotem zainteresowań biologów, wykorzystujących komputer jako narzędzie swojej pracy. Wspomaga wszelakiego rodzaju badania i analizy danych biomedycznych. Umożliwia cyfrowe przetwarzanie DNA/RNA oraz wykonywanie na nich wirtualnych operacji sekwencjonowania, uzupełniania, transkrypcji czy translacji. Zezwala na wizualizację danych biologicznych w postaci rycin i wykresów. Posiada moduły do zapisu i odczytu danych z baz, które zawierają informacje biologiczne (np. FASTA, gbk). Biopython wykorzystywany jest przede wszystkim przez naukowców, zajmujących się bioinformatyką i ewolucją molekularną.

Biopython

Biopython 1.59, której wydanie miało miejsce dzisiejszego popołudnia, wspiera wersje Pythona 2.5-2.7, a także Jythona 2.5. Zdecydowana większość funkcjonalności biblioteki działa również pod Pythonem 3.1-3.2 oraz interpreterem PyPy (nie obejmując biblioteki NumPy).

Więcej informacji: open-bio.org, biopython.org

Dodał: Piotr Tynecki, Kategorie: News
Data: 2012-02-24 23:53:55


Copyright © 2007-2014 by Polish Python Coders Group
Język programowania Python  Open Source

Powered by Pigmej CMSv.0.2
Hosted by DmTEC